南京中医药大学图书馆是一所以中医药古籍文献为特色馆藏的现代化图书馆。该馆收藏古籍4万册，其中善本古籍3100册，中医古籍是其特色藏品。专用古籍库2个，总面积400平方米。由图书馆直接管理，工作人员6人，有专人负责古籍典藏和修复工作。