上海中医药大学图书信息中心收藏古籍36663册（件），其中特藏善本1110部，6196册。元、明、清各时代的中医药古籍刻本、抄本及具有特殊使用价值的清医案为其特色藏品。专有古籍书库1个，面积110平方米。成立古籍保护工作小组，工作人员13人，专设机构管理古籍阅览、保护、修复与研究工作。