东京审判的实际审讯程序基本按照《远东国际军事法庭宪章》第十五条的规定步骤进行，由于东京审判不论从法庭宪章还是法庭组成人员都带有明显的英美法系特征，其证据法则极为繁复。具体庭审时间和进程分为：
　　（一）庭前准备阶段：1946年1月—1946年4月
　　（二）开庭审理阶段：1946年5月3日—1948年11月12日
　　1、准备阶段：1946年5月3日—1946年6月4日
　　2、检方主张立证阶段：1946年6月4日—1947年2月23日
　　3、辩方反证阶段：1947年2月24日—1948年1月12日
　　4、审理最终阶段：1948年1月12日—1948年4月16日
　　5、宣判阶段：1948年11月4日—11月12日
　　（三）上诉和行刑阶段：1948年11月4日—1948年12月29日
　　（四）闭庭后续阶段：1948年12月29日之后
　　在耗时两年半的审理过程中，检辩双方向法庭提交证据的两个阶段就占去一半以上的时间。其中在检方主张立证阶段，涉及中国的主要审理事件和日程包括：
　　1、“对满洲（中国东北）的军事支配”（1946.7.1，7.30）；
　　2、“满洲事变至奉天（今沈阳）柳条沟事件（九•一八事变）的情况”（1946.7.1—7.9）；
　　3、“满洲事变至奉天（今沈阳）柳条沟事件（九•一八事变）爆发后的形势”（1946.7.9—7.10，7.30）；
　　4、“对中国本土支配权的扩大——中国事变”（1946.7.15，8.5-8.28，）；
　　5、“卢沟桥事件及其之前的形势”（1946.7.22—7.25）；
　　6、“和中国相关的暴行（普通战争罪）与鸦片输入”（1946.7.25-7.30，8.15-8.16，8.28，8.29-9.5）；
　　7、“满洲建国事情”（1946.7.30-8.2，8.16-8.28）；
　　8、“卢沟桥事变及其后的形势”（1946.8.6-8.7）；
　　9、“对中国外交”（1946.8.8-8.15）；
　　10、“对满洲及中国的经济支配”（1946.8.28，9.6-9.10）；
　　11、“日军在南京的暴行”（1946.8.29-8.30）；
　　12、“日军在中国各地的暴行”（1946.8.30-8.31，9.3）；
　　13、“日本对中国各地的鸦片贸易”（1946.9.3-9.5）；
　　14、“对战争俘虏及普通人的暴行”（1946.9.10-9.19）。