中华古籍特藏保护计划实行中央资金拨付和地方资金配套的方式操作，执行《中华古籍特藏保护计划资金管理办法》。工作委员会提出下一年度经费预算，经领导小组审定后上报财政部。中华古籍特藏保护计划专项经费实行专项申报，逐项核对，专款专用，跟踪反馈的管理办法。每年计划完成后，项目单位应编制经费使用情况报告，经领导小组审核后报文化部和财政部。专项经费属于中央资金拨付部分必须接受文化部、财政部与审计等部门的监督和检查；属于地方资金拨付部分必须接受地方政府与审计等部门的监督和检查。

中华古籍特藏保护计划严格按照国家标准和行业标准进行操作。2005 年，国家图书馆受文化部委托，邀请全国九家大型公共图书馆有关专家学者编制保护计划相关标准，制订了《古籍定级标准》、《图书馆古籍特藏书库基本要求》、《古籍破损定级标准》、《古籍修复技术规范与质量要求》、《古籍普查规范》和《图书馆古籍修复人员任职资格》。目前，该六项标准已通过专家鉴定。从2006年2月起，各项标准正式向文化部教科司申报，争取作为文化部行业标准颁布实施。

古籍普查是中华古籍特藏保护计划的先导性基础工作。只有对全国现存古籍收藏的数量、级别、破损和保存保护状况有清晰的了解，才能更有针对性地开展保护和修复工作。古籍普查将对全国公共图书馆收藏的古籍品种、数量、级别、破损及保存保护状况等进行普查，建立古籍信息数据库，编制《中国古籍登记目录》。古籍普查严格执行《古籍定级标准》、《破损定级标准》、《古籍普查规范》，一、二级古籍入选《中华珍贵文献遗产名录》。根据各图书馆参与古籍普查情况、古籍数量和珍贵藏品数量，选择国家重点古籍书库，国家、地方对国家重点古籍书库优先投入资金，进行环境改造。

中华古籍特藏保护计划（第一期）计划科学抢救修复10万册破损严重的古籍文献，在古籍修复中要努力推广科学的修复原则，大型的古籍修复应在专家论证的基础上开展，避免盲目修复，避免在条件不具备的情况下修复。在制定古籍修复技术规范与质量标准、修复人员职业资格标准的基础上科学抢救修复，提高从业人员的素质和水平。纸浆补书机是采用纸浆进行补书工作的机械，特别适用于修补虫蛀严重的古籍，可以极大提高修复效率。国家图书馆研制的纸浆补书机曾获文化部科技进步三等奖，在古籍修复工作中发挥了重要作用，具有推广价值。2006年，计划采用新技术研制改进型纸浆补书机，制作出样机，在2007年推广到省级图书馆，提高修复效率，为完成古籍修复任务提供保障。

包括建立文献保护修复国家中心，下设国家文献保护重点实验室和修复中心；以中央财政补贴和地方财政配套共同支持的方式，开展地方公共图书馆古籍特藏保护条件的改善工作。

古籍修复人员担负着修复古籍特藏的重任。中华古籍特藏保护计划（第一期）计划轮训现有图书馆古籍修复人员，新培养500名高素质专业人员。争取设立奖学金，在高等院校中设立古籍修复专业或修复课程，培养本科生；在高等专业学校中培养高职生；通过执行《图书资料人员·文献修复师》职业资格标准，吸引社会人才参与古籍修复工作。

中华古籍特藏保护计划（第一期）结束后，我国现存古籍将有清晰的登记和完善的记录，现存珍贵典籍基本可以妥善保藏，古籍修复事业将有良性循环和发展，对近现代文献图书的保存保护也将起到积极的推动作用。